Пытаясь в очередной раз остановить своего заклятого врага, главный герой наткнулся на созданное Эггманом могущественное существо, известное как Инфинит. После этого Соник пропадает на долгое время. Исчезновение синего ежа стало шокирующей новостью для всех. Но его друзья, ушедшие в подполье, все равно решили сражаться, сформировав сопротивление с ехидной Наклзом во главе. Они спасают Соника, который все это время был пленником доктора. Вскоре после этого появляется Классический Соник, аналог Соника из другого измерения, который был перенесён в измерение Современного Соника той же силой, которую использовал Эггман для завоевания мира и создания Инфинита — силой Рубина Иллюзий. Также к партизанам присоединяется новобранец-персонаж, созданный игроком. Теперь, с помощью своих друзей, Современный Соник отправляется спасать мир.
